تنوع ژنتیکی درون و بین نژادهای ایرانی، فرانسوی و دانمارکی ماهی قزل‌آلای رنگین‌کمان (Oncorhynchus mykiss) با استفاده از آنالیز PCR-RFLP قطعات DNA میتوکندری

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانش آموخته کارشناسی ارشد، گروه شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ایران.

2 دانشیار گروه شیلات، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ایران.

3 استاد گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ایران.

4 استادیار گروه علوم دامی، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ایران.

چکیده

هدف از این پژوهش، بررسی میزان تنوع ژنتیکی بین و درون نژادهای قزل­ آلای رنگین­کمان ایرانی، فرانسوی و دانمارکی بود. DNA میتوکندریایی 135 نمونه (45 نمونه از هر نژاد)، به روش فنل کلروفوم استخراج شده و با استفاده از تکنیک واکنش زنجیره­ای پلیمراز چند شکلی طول قطعات حاصل از هضم (PCR-RFLP) مورد مطالعه قرار گرفت. قطعات شامل 986 جفت باز از D-loop و 974 جفت باز از سیتوکروم b تکثیر و با آنزیم­های هضم مختلف مطالعه شدند. هیچ­کدام از نمونه ها برای آنزیم­ های هضم در D-loop تنوع ژنتیکی را نشان ندادند. با استفاده از آنزیم ­های هضم، 4 هاپلوتیپ مختلف روی ژل آگارز برای سیتوکروم b شناسایی شد که در میان آن­ها دو هاپلوتیپ مخصوص نژادی برای نژاد دانمارکی مشاهده شد. بیشترین فراوانی هاپلوتیپ ­ها برای هاپلوتیپ AABBAB با 61 مشاهده بود. دندروگرام UPGMA بر اساس سیتوکروم b نشان داد که نژاد ایرانی با فرانسوی در یک کلاستر و از نژاد دانمارکی جدا شد. فاصله ژنتیکی بین نژاد ایرانی و فرانسوی 0/0008 و بین نژاد­های ایرانی و دانمارکی و همچنین فرانسوی و دانمارکی 0/198 بود.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Genetic Variation within and among Iranian, French and Danish Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) Using PCR-RFLP Analysis of Mitochondrial DNA Segments

نویسندگان [English]

  • Rabi Shakki 1
  • Hossein Rahmani 2
  • Ghodrat Rahimi 3
  • Mohsen Gholizadeh 4
1 Graduated MSc, Department of Fisheries, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran.
2 Associate professor, Department of Fisheries, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran.
3 Professor, Department of Animal Sciences, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran.
4 Assistant professor, Department of Animal Sciences, Sari Agricultural Sciences and Natural Resources University, Iran
چکیده [English]

The objective of this study was to investigate the genetic diversity within and between Iranian, French and Danish rainbow trout, Oncorhynchus mykiss. Mitochondrial DNA (mtDNA) of 135 samples (45per each breed), isolated by phenol-chloroform extraction method, was studied by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Fragments that included 986 bp of D-loop and 974 bp of Cyt b of mtDNA were amplified and investigated using different restriction enzymes. None of samples showed variation for restriction enzymes in D-loop. Using restriction enzymes, on gel electrophoresis, four different haplotypes were detected in Cyt b among which two breed specific haplotypes were observed in Danish population. AABBAB haplotypes had the most frequency with 61 events. UPGMA dendrogram based on cytochrome b gene showed that the Iranian population make cluster with French population rather than the Danish population. The genetic distance was 0.0008 between Iranian and French populations and 0.198 between both Iranian and Danish and French and Danish populations.

کلیدواژه‌ها [English]

  • mtDNA
  • PCR-RFLP
  • Rainbow trout
  • Genetic diversity