تنوع ژنتیکی جدایه های لاکتوکوکوس گارویه آ (Lactococcus garvieae) از ماهیان قزل آلای رنگین کمان (Oncorhynchus mykiss) بیمار در ایران با استفاده از روش RAPD-PCR

نوع مقاله: مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 دانشجوی دکتری تخصصی بهداشت آبزیان، گروه علوم درمانگاهی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.

2 استاد، گروه علوم درمانگاهی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.

3 دانشیار، گروه علوم درمانگاهی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شیراز، شیراز، ایران.

چکیده

لاکتوکوکوس گارویه آ یکی از عوامل اصلی بیماری استرپتوکوکوزیس/لاکتوکوکوزیس در مزارع ماهیان به ویژه ماهی قزل آلای رنگین کمان  می باشد که هر ساله خسارات زیادی را موجب می­ شود. در این مطالعه تنوع ژنتیکی 20 جدایه لاکتوکوکوس گارویه آ بدست آمده از تلفات مزارع قزل آلای رنگین کمان در برخی استان ­های کشور به روش RAPD-PCR مورد مطالعه قرار گرفت. پس از کشت از بافت کلیه ماهیان بیمار و جداسازی کوکسی ­های گرم مثبت روی برین هارت آگار (BHI)، در ابتدا با استفاده از روش PCR اختصاصی، تشخیص گونه (با تولید محصول 1100 جفت بازی) جدایه های باکتریایی انجام گرفت. سپس ژنوتاپینگ جدایه ها با استفاده از روش RAPD-PCR و دو پرایمر P5 و M13 انجام شد. نتایج حاصل از روش RAPD-PCR نشان داد که پرایمر P5 در مجموع قادر به تولید حداکثر 3 باند و 4 الگوی باند در میان جدایه­ها شد اما پرایمر M13 قادر به تولید حداکثر 7 باند و 5 الگوی باندی شد. همچنین نتایج حاصل از ترسیم درخت فیلوژنی بر اساس محصولات RAPD-PCR پرایمر P5 با استفاده از روش UPGMA موجب تفکیک این جدایه­ ها در 2 کلاستر اصلی و 4 گروه فرعی ژنتیکی شد، اما با استفاده از پرایمر M13 این جدایه­ ها در 2 کلاستر اصلی و 5 گروه فرعی ژنتیکی قرار گرفتند. نتایج این مطالعه نشان می­ دهد که گرچه مشابهت ­های فنوتیپی بین جدایه­ های لاکتوکوکوس گارویه آ مناطق مختلف ایران وجود دارد ولی این جدایه­ ها با همدیگر دارای تفاوت ­های ژنتیکی نیز هستند. مطالعات بیشتری در آینده نیاز است تا نقش این تفاوت های ژنتیکی کسب شده در این مطالعه را در میزان حدت باکتری و ایمنی ­زایی بدنبال واکسناسیون نشان دهد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

Genetic Diversity of Lactococcus garvieae Isolated from Diseased Rainbow Trout (Oncorhynchus mykiss) in Iran by RAPD-PCR

نویسندگان [English]

  • Reza Salighehzadeh 1
  • Mostafa Akhlaghi 2
  • Hassan Sharifiyazdi 3
  • Siyavash Soltanian 3
1 Ph.D. Student PhD Student of aquatic animal health, Department of Clinical Sciences, School of Veterinary Medicine, Shiraz University, Shiraz, Iran.
2 Professor, Department of Clinical Sciences, School of Veterinary Medicine, Shiraz University, Shiraz, Iran.
3 Associate Professor, Department of Clinical Sciences, School of Veterinary Medicine, Shiraz University, Shiraz, Iran.
چکیده [English]

Lactococcus garvieae is one of the main causative agents of streptococcusis/lactococcosis in farmed fish particularly in rainbow trout causing remarkable losses each year. Genotyping of 20 isolates of Lactococcus garvieae strains recovered from the mortality of farmed rainbow trout in different provinces of Iran was performed using RAPD-PCR method. The gram-positive cocci were first obtained from the kidney tissues of diseased trout. The bacterial isolates were grown on brain heart agar (BHI) and were then identified by a specific PCR method. The recovered gram-positive cocci strains were identified as L. garvieae by producing a 1100bp PCR product Then bacterial genotyping were processed with RAPD-PCR using two distinct random primers: P5 and M13. The RAPD-PCR results showed that primer P5 was able to produce maximum of 3 bands and 4 banding patterns, but primer M13 produced maximum of 7 bands and 5 banding patterns. Accordingly, the phylogenetic tree of the RAPD-PCR product using UPMGA software and using the primer P5 included these strains in 2 major clusters and 4 genetic groups, but using the primer M13 included these strains into 2 major clusters and 5 genetic groups. The results of this study indicate that although there are some phenotypic similarities between isolates of L. garvieae in different regions of Iran, these isolates have noticeable genetic differences. Further studies are need to clarify whether such genetic diversity of the isolates are important for bacterial severity and prophylactic vaccination.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Lactococcus garvieae
  • Lactococcosis
  • Rainbow trout
  • Iran
  • Genetic diversity