شناسایی ایزوفرمهای میکرو‌آر.ان.ای Let-7 در آزادماهییان با استفاده از داده های بیوانفورماتیک

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 استاد گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران- نویسنده مسئول

2 دانشجوی دکتری گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

3 استادیار گروه شیلات، دانشکده منابع طبیعی، دانشگاه تهران، کرج، ایران

چکیده

میکروآر.ان.ای توالی‌های کوتاه غیر کد شونده‌ای هستند که تنظیم بیان ژنها را در مرحله بعد از رونویسی انجام می‌دهند، این نوع از آر.ان.ای غیر‌کد‌شونده در تنظیم بیان 60 درصد از ژنها دخالت دارند که درآزاد ماهیان تعداد بسیار محدودی از میکرو آر.ان.ای ها شناسایی شده است. لذا در این تحقیق به منظور شناسایی ایزوفرم‌های مختلف میکروآر.ان.ای Let-7 در آزاد ماهیان، داده های بیوانفورماتیک موجود در NCBI مورد استفاده قرار گرفت. 43 میلیون خوانش با طول حدود 22 باز مورد بازبینی قرار گرفت که از این مقدار 8/17 میلیون با Let-7 همخوانی داشتند، 9 ایزوفرم مختلف از خانواده Let-7 شناسایی شد که 8 عدد از آنها با ایزوفرم های شناسایی شده در سایر رده های جانوری تطبق داشته است و یک ایزوفرم جدید که دارای یک باز اختلاف با ایزوفرم Let-7f در آزاد ماهی اقیانوس اطلس (Salmo salar) است نیز شناسایی شد. ایزوفرم Let-7a نیز در میان 9 ایزوفرم دارای بیشترین فراوانی بوده است. برای 9 ایزوفرم شناسایی شده تعداد 20 لوکوس بر روی کروموزوم‌های ژنوم مرجع (Otsh.V1) در مرکز داده های NCBI شناسایی شد و بدین طریق مشخص گردید که تعداد 7 لوکوس بر روی ژنوم به صورت خوشه های ژنی از Let-7 می‌ باشند، 2 لوکوس دیگر نیز برای ایزوفرم Let-7c بر روی قطعاتی از ژنوم مرجع که در کروموزوم ها مکان یابی نشده بودند شناسایی شد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Detecting Let-7 isoforms of Salmonids by bioinformatics data

نویسندگان [English]

  • Hamid Farahmand 1
  • Ahmad Bahmaninejad 2
  • amirabed elmdoust 3
1 Professor, Department of Fishery, Faculty of Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
2 Ph.D student, Professor, Department of Fishery, Faculty of Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran
3 Assistant Professor, Department of Fishery, Faculty of Natural Resources, University of Tehran, Karaj, Iran.
چکیده [English]

MicroRNAs are short noncoding RNAs that control gene expression in post-transcriptionally manner, estimated about 60% of all genes controlled by these RNAs. Among vertebrates in Salmonids this type of RNA poorly investigated. In this study for profiling isoforms of Let-7 MicroRNA of Salmonids, the data from NCBI database was extracted and analyzed. About 43 million reads with 22 nucleotides span were analyzed. Among them, 17.8 million reads were matched to to Let-7a isomer of this MicroRNA family. 9 Isoforms of this family detected in which 8 of them were detected before in other animals. One of detected isoforms was novel and not reported in other species. The novel isolated isoform in this study contains one nucleotide difference with Let-7f in Atlantic salmon (salmo salar). let-7a isomer abundantly expressed comparing with others. 20 loci for all isomers were on reference genome (Otsh.V1) in NCBI, and 7 of these loci organized as MicroRNA gene clusters in genome. The other 2 loci for Let-7c were detected on unplaced fragments of reference genome as well.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Salmonids
  • MicroRNA
  • Bioinformatics
  • let-7
  • isoform